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在垄断民事纠纷中，如果双方之间存在仲裁协议，当事人能否以此为由主张法院无权受理？这一问题涉及反垄断法的公共政策属性与仲裁的私法自治之间的冲突。
《审理垄断民事纠纷案件解释》第3条明确规定：“一方当事人向人民法院提起垄断民事诉讼，另一方当事人以双方之间存在合同关系且有仲裁协议为由，主张人民法院不应受理的，人民法院不予支持。”这意味着，仲裁协议不能排除法院对垄断民事纠纷的主管。
理由在于：第一，反垄断法维护的是市场竞争秩序这一重大公共利益，属于“市场经济的基础性法律”，其公共政策属性优于仲裁所体现的商业利益。第二，如果允许通过仲裁协议排除法院管辖，当事人可能借助仲裁途径逃避公权力机关的监督，使得垄断行为难以得到有效规制。第三，即使在国际上，各国对垄断争议的可仲裁性也持谨慎态度，且普遍保留法院对仲裁裁决的实质审查权。
需要注意的是，这里区分了“主管”与“管辖”。主管涉及法院与仲裁机构之间的权限划分，因涉及公共利益，仲裁协议不能排除；而管辖是法院内部的分工，当事人对管辖的约定原则上仍可适用《民事诉讼法》的规定。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：企业在签订合同时，即使约定了仲裁条款，也不能排除反垄断法对垄断行为的规制。如果发现对方存在垄断行为，仍可向人民法院提起垄断民事诉讼。法院受理后，合同纠纷部分可能通过仲裁解决，但垄断争议部分由法院审理。