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这是一个实践中常见的问题。侵权种子被行政执法机关或法院责令进行灭活处理（如转商、毁坏），使其不能再作为繁殖材料流入市场。此时，侵权人是否还需承担损害赔偿责任？
“北京某种业公司诉吴某寿”案给出了明确答案：侵权人仍需赔偿。
在该案中，吴某寿未经许可繁育侵权玉米种子207亩，农业执法部门对种子果穗进行了灭活处理。一审法院认为，侵权种子已灭活，未对品种权人造成实际损害，故不支持赔偿损失请求，仅判令承担合理开支。
最高人民法院二审改判：即便作为繁殖材料的侵权种子被灭活处理最终没有流入市场，也不意味着品种权人没有因其市场被挤占而遭受损失。生产侵权行为本身已经挤占了品种权人的市场空间，侵权人应当承担赔偿责任。
同时，法院指出，责令采取灭活措施与赔偿损失均为侵权责任的具体承担方式，二者并非排斥适用。侵权繁殖材料被灭活后，损害后果轻于实际流入市场，在确定赔偿数额时应作为考量因素，但绝不能因此免除赔偿责任。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：品种权人不要因为侵权种子被销毁就放弃索赔。生产行为本身已经造成损害，应积极主张赔偿。侵权人也不要以为“东西被毁了就没事了”，赔偿责任不会因此免除。