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特许经营合同被认定无效、撤销或解除后，需要进行清算。清算问题既有共性，也有特许经营的特殊性。原则上当事人有约定的按照约定执行。
特许经营资源的处置：被特许人应停止使用经营资源，返还或销毁与经营资源有关的特许使用证明、特许商业标志、技术资料、牌匾等文件或材料。如果经营资源包括知识产权等无形财产以外的产品或者设备，原则上应予返还，无法返还的折价赔偿。
特许经营费用的处置：被特许人支付的特许经营费用（加盟费、管理费、品牌使用费、培训费等），应根据合同履行情况、实际经营期限、实际使用特许经营资源和经营模式的具体情况，合理确定返还金额。当事人有过错的，应根据其过错程度承担相应责任。
保证金的处置：如无定金性质，一般应返还被特许人。但如被特许人有违约行为，保证金可作为违约金扣除。
库存商品的处置：合同到期或提前终止时，被特许人的既有库存如何处理？如合同有约定从约定；无约定的，应允许被特许人在限定时间内继续使用特许人的商业标识处理库存，或者折价由特许人回收。
后合同义务：当事人特别是被特许人在合同订立或履行过程中知悉的商业秘密，不得泄露或者不正当地使用。如合同约定竞业禁止条款，原则上应依约遵守。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：在特许经营合同签订时，应就合同终止后的清算事宜作出明确约定，包括经营资源的返还、费用的退还、库存的处理、保密义务的延续等。发生清算时，应全面梳理已履行情况和未履行义务，依法计算应返还金额和损失赔偿。