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侵犯商业秘密罪中，损失数额的认定是实践中的难点。司法解释根据不同的行为类型，规定了不同的计算方法：
第一，以不正当手段获取商业秘密的。这类行为社会危害性更大，损失数额可以按照商业秘密的许可使用费确定。因为行为人通过不正当手段获取秘密，节省了本应支付的许可费，权利人则损失了该笔费用。
第二，违约型侵犯商业秘密的（行为人合法知悉后违约使用）。损失数额按照权利人因被侵权造成利润的损失计算，即侵权产品销售量乘以权利人每件产品的合理利润。
第三，第三人侵权（明知来源非法仍使用），损失数额同样按照权利人利润损失计算。
第四，侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉或者灭失的。此时权利人的竞争优势完全丧失，损失数额可以按照商业秘密的商业价值确定。商业价值可根据研究开发成本、实施收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素综合确定。
第五，权利人支出的补救费用，如为减轻损失或重新恢复系统安全而支出的费用，如果与侵权行为有直接因果关系，也应计入损失。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：企业应保存好研发投入记录、产品利润数据、许可合同等材料，以便在损失计算时提供依据。对于导致秘密公开的案件，要重点论证其商业价值，包括开发成本、市场前景等。