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这是一个涉及司法权与行政权边界的问题。当被诉侵权的标识本身也是一个注册商标时，法院能否在民事侵权诉讼中判令被告停止使用该商标？
答案是可以，但需要满足特定条件。根据《审理涉及驰名商标保护民事纠纷案件解释》第11条，如果被告使用的注册商标违反了《商标法》第13条（即复制、摹仿或翻译原告驰名商标），构成侵犯商标权的，人民法院可以根据原告的请求，依法判决禁止被告使用该商标。
这个规定明确了，即使被告拥有形式上的注册商标权，法院也可以穿透形式看本质。如果该商标的使用构成了对原告驰名商标的侵权，法院有权直接判决其停止使用。这体现了两种权利冲突时的处理原则：不能使形式的合法成为侵权行为得以继续的依据。
在“杭州莫某科技公司”案中，浙江省高级人民法院就是在认定“奥普”为驰名商标的前提下，直接判决禁止被告使用其注册商标。当然，该规定也有例外，如被告商标已超过5年无效宣告期限，或原告商标在被告申请注册时并不驰名。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：拥有注册商标并非万无一失的“护身符”。如果你的商标是复制、摹仿他人在先驰名商标而获得的，随时面临被起诉停用的风险。对于驰名商标权利人而言，这是打击恶意注册、有效维护品牌纯净度的有力武器。