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“恶意不兼容”和“拒绝交易”都可能表现为一方拒绝与另一方进行产品或服务的兼容。但两者是不同法律规制下的概念，有显著区别。
第一，适用法律不同。 “恶意不兼容”是《反不正当竞争法》“互联网专条”规制的行为；而“拒绝交易”是《反垄断法》禁止的滥用市场支配地位行为的一种。
第二，适用前提不同。 这是最核心的区别。适用《反垄断法》规制“拒绝交易”，前提是实施该行为的经营者具有市场支配地位。只有市场支配地位经营者的拒绝交易行为，才可能排除、限制市场竞争。而适用《反不正当竞争法》规制“恶意不兼容”，不以经营者具有市场支配地位为前提。只要其实施了恶意的、不正当的不兼容行为，扰乱了竞争秩序，就可以规制。
第三，行为后果不同。 《反垄断法》关注的是行为是否具有排除、限制竞争的效果，对竞争的损害更严重。《反不正当竞争法》则关注行为是否损害了其他经营者的合法权益和消费者的利益，是否扰乱了公平竞争秩序。
在“QQ与360”大战中，法院就曾区分过这两个概念。法院认为，腾讯的“二选一”行为虽然对用户造成了不便，但并未导致排除或者限制竞争的明显效果，不构成《反垄断法》所禁止的滥用市场支配地位行为。但这并不意味着它不可能受到《反不正当竞争法》的审视。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：当遭遇不兼容时，应首先评估对方的市场地位。如果对方是占据市场支配地位的大平台，可以同时从《反垄断法》和《反不正当竞争法》两个角度考虑维权策略。如果对方不是支配地位企业，则应重点关注其在《反不正当竞争法》下的不正当性，即其行为是否违背了商业道德，是否具有恶意。