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违法所得数额是侵犯商业秘密罪的重要入罪标准。根据司法解释，违法所得数额的认定主要有两种方式：
第一，因披露或者允许他人使用商业秘密而获得的财物或者其他财产性利益的价值。
行为人将商业秘密转让给第三人使用，第三人支付的钱款、股份、技术入股等，均属于违法所得。财产性利益包括可以折算为货币的物质利益，如债务免除、会员服务等，以及需要支付货币的其他利益，犯罪数额以实际支付或者应当支付的数额计算。
需要注意的是，员工跳槽后新公司给予的薪酬，如果主要基于其自身技能和经验，不应直接认定为违法所得。但如果薪酬明显超出正常水平，且与提供的商业秘密直接相关，则可能部分认定为违法所得。
第二，因使用商业秘密所获得的利润。主要针对行为人自己使用商业秘密生产销售产品的情形。利润根据侵权产品销售量乘以每件侵权产品的合理利润确定。
在实践中，有时外部人员通过贿赂内部员工获取商业秘密。如果双方无共同预谋不构成共犯，应根据各自行为分别确定入罪标准。外部人员未合法知悉秘密，其行为可视为“不正当手段获取”。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：权利人应重点收集侵权人销售侵权产品的数据、利润信息等。对于技术入股、股权激励等复杂收益，可委托审计机构进行专项审计，确定违法所得数额。