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计算机软件的源代码，是软件的核心资产。它既可以通过软件著作权进行保护，其源代码本身也可以作为商业秘密获得保护。
源代码作为技术秘密，其保护的是代码本身以及其中蕴含的流程、逻辑关系、算法等技术信息。当事人如果主张计算机软件的源代码和与源代码对应的流程、逻辑关系、算法均构成技术秘密，应当分别明确请求保护的具体技术信息，并分别证明其符合商业秘密的法定构成要件（秘密性、保密性、价值性）。
与著作权保护不同，商业秘密保护不要求代码具有独创性，但要求其不为公众所知悉，并且权利人采取了合理的保密措施。例如，将源代码存储在受控的服务器中，限制访问人员，与员工签订保密协议等。
通过商业秘密保护源代码，其优势在于可以防止他人以任何形式（包括独立开发）获取和使用，但前提是代码未被泄露。一旦代码被公开，其商业秘密性即告丧失。
天禾（上海）律师事务所陈军律师提示：对于软件企业，建议采取“组合拳”保护源代码。一方面，通过著作权登记保护代码的表达；另一方面，对核心算法、未公开的代码等采取严格的保密措施，作为商业秘密保护。两者可以并行不悖，为企业提供更全面的法律保障。