上海商业秘密律师网计算机软件受《著作权法》的保护，但是，这并不妨碍其可以同时受商业秘密法律保护，采取保密措施的源程序、目标文档等均可以同时作为商业秘密进行保护。此外，版权只保护思想的表达方式而不保护创意本身，但是，商业秘密是保护思想本身的，如计算机程序的结构、顺序和组织，算法、处理过程和运行方法等难以获得版权保护，但是，符合条件的话，却可以作为商业秘密进行保护。因此，可以说计算机软件的版权保护与商业秘密非但没有矛盾，相反他们可以互补。
这里，需要提醒的是，企业经常会需要将软件进行著作权登记，登记当中可能会导致部分源程序的公开，这是需要注意的。
依据《计算机软件登记办法》规定，软件著作权登记需要提交软件的鉴别材料，而软件的鉴别材料包括程序和文档的鉴别材料，程序和文档的鉴别材料由源程序和任何一种文档前、后各连续30页组成；整个程序和文档不到60页的，应当提交整个源程序和文档；除特定情况外，程序每页不少于50行，文档每页不少于30行。软件进行登记以后，依据《计算机软件登记办法》第二十六条规定，一经登记以后，一般情况下，任何人均可查阅软件登记公告以及可公开的有关登记文件。《作品自愿登记条例》第十二条也规定，”作品登记应实行计算机数据库管理，并对公众开放，……”源程序如说明书，可以被人阅读，登记以后又要向社会公开，这就存在导致软件被公开的可能。
为了解决这个问题，《计算机软件登记办法》第十二条规定，”申请软件著作权登记的，可以选择以下方式之一对鉴别材料作例外交存：（一）源程序的前、后各连续的30页，其中的机密部分用黑色宽斜线覆盖，但覆盖部分不得超过交存源程序的50%;（二）源程序连续的前10页，加上源程序的任何部分的连续的50页； （三）目标程序的前、后各连续的30页，加上源程序的任何部分的连续的20页。文档作例外交存的，参照前款规定处理。” 其第十三条还规定，”软件著作权登记时，申请人可以申请将源程序、文档或者样品进行封存。除申请人或者司法机关外，任何人不得启封。”这个条款实际是解决了软件登记与商业秘密保护之间的矛盾。软件企业应该注意这个条款的规定，在进行软件登记时申请例外交存，覆盖自己认为需要保密之内容，避免软件因登记而被公开。